През 1948 година тримата български епископи – Иван Романов от Пловдив, апостолическият екзарх от София Кирил Куртев и епископ Босилков, са извикани от председателя на Република България Георги Димитров. Приети са с почести, сладко кафе и любезности. Планът, който излага Димитров е ясен: да се отделят от Католическата църква в Рим. Тримата епископи са непреклонни и уверяват, че никога няма да направят това. След няколко дни, на 14 февруари същата година, монсиньор Босилков пише на генералния настоятел на пасионистите в Холандия, като съобщава, че социалистическата реформа в България се осъществява чрез силни ограничения на религиозната дейност в катехизиса и католическия печат.

 

Започва преследването! Писмата на мисионерите биват отваряни, а всяко тяхно движение е постоянно следено. Мисионерите често са разпитвани от полицията заради катехизиса,семинарията е иззета, милицията разпитва семинаристите.Положението се влошава, катехизисът е забранен. В средата на март 1948 година от Министерството на правосъдието пристига нареждане семинаристите да напуснат русенската семинария, а манастирът да бъде използван за обучението на триста младежи с комунистически убеждения. В Русе са конфискувани също френският колеж „Notr Dam de Sion” и девическата гимназия „Santa Maria”.

 

Монсеньор Босилков иска да замине за Рим и да посети възрастните си благодетелки в Холандия. Два пъти се обръща за разрешение към председателя Г. Димитров, но такова не получава. Навършва се една година от епископското му ръкополагане. Като по чудо Димитров дава разрешението. Това се дължи на приятния спомен на министър-председателя от двете възрастни госпожи, помогнали му на младини по време на учението му в Германия.

 

Монсиньор Босилков пристига в Рим на 3 юли 1948 година и се отправя за Холандия, за да поздрави благодетелките и събратята си. Всяка негова стъпка е старателно следена, за което свидетелства отец Джерардо Богелс. Едва пристигнал в манастира, монсиньор Босилков му казва: „Кажете ми откровено, мога ли да се доверявам на всички тук, няма ли някой, който би могъл да ме предаде?”. Две години по-късно отец Джерардо среща свой стар приятел от контраразузнаването, който му споделя: „Имах в ръцете си документите за пътуванията на монсиньор Босилков. Бих могъл с точност да кажа местата къде, при кого и колко време е престоявал”.

 

Като новоизбран епископ на 17 септември същата година е приет на частна аудиенция от Папа Пий ХII. Спомня си с голяма почит за тази среща, вдъхнала му голяма смелост.

Връща се в България на 1 октомври и посещава своите братя, като ги насърчава да останат верни на Христос.

 

В края на 1948 година епископите са запознати с текста на Закона за религиозните вероизповедания и монсиньор Босилков, въпреки че се чувства спокоен и отдаден на Господа, пише с драматичен тон на Генералния настоятел на пасионистите:”Колкото до мен, не губя време и се приготвям за най-лошото. Затова казвам да се молите, да се молите много, и ако един ден чуете най-лошата новина, продължавайте да се молите и следите от нашата кръв ще открият пътя към едно прекрасно бъдеще, и дори ние да не го видим, други ще пожънат онова, което ние посяхме в мъка. Там, където съществува „misterium iniquitatis” (тайната на беззаконието), там присъства също Божието всемогъщество и следователно молитвата на добрите  Божи светци. Затова – винаги напред с вяра!”. Той благодари за доброто, което мисията на пасионистите е извършила в Северна България и изразява пред Генералния настоятел  горещото желание  да предаде тази любов на неговите събратя и да не бъде забравена българската мисия. „Не изоставяйте никога нашата мисия. Може би ще бъда принуден да приема хора от другаде,  но като мисия тя трябва да остане наша”.

 

1949 година започва с екстрадирането на Апостолическият делегат монс. Франческо Галони, искрено обичащ  българския народ, така както предшественика му в България – монсиньор Анджело Ронкали, бъдещият Папа Йоан ХХIII.

 

 

Специалният закон, регламентиращ  юридическия статут на различните християнски вероизповедания  и приет на 23 февруари 1949 година, става база за  открито преследване на Католическата църква. Заедно с другите епископи монс. Босилков е извикан в София, за да „декларират, че се обявяват против всяко действие, насочено срещу законите на страната”. Босилков знае много добре, ако не се преклони и не подпише натрапения текст, го очаква преследване. В крайна сметка епископите заедно решават да не сложат подписите си.

 

Праз 1950 година, обявена за Света година, никополският епископ има желание да замине за  Рим, но пише на холандските си приятели: „В тези лоши времена не смея да изоставя епархията и да дойда при вас.”

 

За периода от 1 до 20 август 1951 година извършва Тайнството миропомазание в различни села. В края на октомври и началото на ноември същата година ръкополага и четирима свещеници – първите и последните ръкоположени от него: в Ореш – Йосиф Йонков, в Белене – Йосиф Минчев и Алфонс Драков, в Малчика – Асен Генов.