Il 6 agosto 1946, dopo 30 anni di governo della diocesi di Nicopoli, muore il vescovo mons. Damiano Theelen. La Santa Sede nomina allora come Amministratore Apostolico della Diocesi proprio p. Eugenio.

 

Attento al momento storico che la Bulgaria e la piccola comunità cattolica stavano attraversando, propone subito alla Dioceni una Missione Popolare straordinaria, per ricordare ai fedeli i punti fondamentali della dottrina cristiana e confermarli nella fede, per far fronte alla propaganda antireligiosa e ateistica del neonato regime comunista. E’ convinto che è necessario dare forti convinzioni per restare fedeli al Vangelo di Gesù Cristo e alla comunione col Papa. La Missione inizia alla fine del 1946 e si conclude nel gennaio 1947. In diverse parrocchie vi sono scontri tra gli attivisti comunisti ed i missionari, in forma di infuocati dibattiti pubblici, ma i missionari ne escono sempre vittoriosi, per la loro maggiore formazione filosofica e culturale. Gli attivisti comunisti, non potendo dire altro, gridano: “Dolu Bog! (Abbasso Dio!)”.

 

Padre Eugenio stesso predica la missione con gli altri confratelli in diverse parrocchie, suscitando nei comunisti tanto odio verso la sua persona. Da amministratore apostolico scrive la Prima Lettera Pastorale il 25 gennaio 1947.