Евгений Босилков се завръща в своята обичана България с титлата “Доктор по богословие”, изпълнен с дълбок евангелски дух за работа сред хората. Епископът на Русе, монс. Дамян Теелен, го назначава за свой секретар и за енорийски свещеник на Русенската катедрала.

През 1934 г. епископ Теелен го назначава за енорист в село Бърдарски Геран в Северозападна България. Тук докторът по богословие усилено занимава младежите с духовна, спортна и социална дейност. С ентусиазъм подпомага гражданското и религиозното израстване на младите брачни двойки. Член е на Общинския съвет в Бърдарски геран. По негова заслуга, през 1936 г., селото става център на автономна община. С бащинска любов свещеникът споделя своя международен опит във всички области на живота, включително и земеделието. Завършва строежа на новата енорийска църква и отделно изгражда голям енорийски дом, годен да побере енорийските групи.

Босилков е великолепен проповедник. Широката му култура, топлият тембър и проникновеният му глас, заедно с човешката му чувствителност, вежливостта и убедителността му, го правят високо ценен лектор, търсен от близките и далечни енории извън епархията.
Неговите енориаши никога не се уморяват да го слушат  и следват. Православните братя уважават и ценят благородното му поведение и откритото му желание за диалог, привлечени са от неговата добронамереност и дух на общение.

Създава добри контакти с културните и правителствените среди в България. Поради популярността си, през 1938 г. е избран да отслужи възпоменателните тържества по случай 250-годишнината от Чипровското въстание. На 7 и 8 ноември в Чипровци отец Босилков държи две официални речи, които са публикувани в почти всички български вестници. Произнася още една голяма реч на 21 декември 1941 г. по повод празника на първата печатна книга на български език “Абагар” на Филип Станиславов.

През 1941 г. България е въвлечена във Втората световна война и е окупирана от германците. Общественият живот е парализиран. В продължение на три години и половина отец Евгений трябва да сведе до минимум пастирската си дейност, но не жали сили в защита на евреите. С приключването на световния конфликт, българското правителство иска примирие със съюзниците, но на 9 септември 1944 г. Съветският съюз обявява война на България, нахлува в страната и установява сталинистко-комунистически режим. Много скоро започват преследванията срещу католическата църква с конфискация на колежи, религиозни домове, земя и екстрадирането на всички чуждестранни мисионери. В Бърдарски геран отец Евгений подготвя хората да бъдат силни и да запазят вярата си, докато в писмата до своите приятели иска да се молят за предизвестеното време на големите преследвания. “Нашите мъки – пише Босилков до холандските си приятели – настъпиха след войната и ще продължават още, докато имаме сегашната партия на власт. Това, което имате вие, т.е. да се чувствате свободни, ни липсва.”