На 26 юли 1947 г. кардинал Тесерен съобщава на Генералния настоятел на пасионистите, че папа Пий XII е назначил Евгений Босилков за епископ на Никополската епархия. Отец Евгений споделя на приятелите си прекрасните чувства и смирението, от които е обзет с това назначение и се моли да бъде Добрия Пастир, описан от Исус в Евангелието и да обича до смърт поверените му верни.

Подготвя се за епископското хиротонисване, като преминава курс по духовни упражнения. На 7 октомври 1947 г. е ръкоположен в Русенската катедрала, заобиколен от радостта на своите верни братя – радост, контрастираща на голямата несигурност и силното безпокойство, които като тъмни облаци се сгъстяват над гражданския  и религиозния хоризонт на страната. Хиротонисването извършва монс. Иван Романов, епископ от латински обряд в Пловдив, заедно с монс. Иван Гаруфалов и монс. Франческо Галони, няколко смели представители на властта и много вярващи, дошли от всички краища на епархията.

Всички, дори и православните, изразяват дълбоката си радост, че най-после имат българин епископ в седалището на Никополската епархия.

Самият монс. Босилков пише на благотворителките си в Холандия: ”За миг пред очите ми преминаха младостта, скъпите ми родители, първите училищни години…всичко изглеждаше като сън!…Аз, епископ…малкият Винченци, после живият и винаги весел студент и накрая отец Евгений. Все пак е така. Това е голямо Божие благоволение и се чувстваме малки пред една тъй голяма благодат.”

Епископският герб, избран от епископ Босилков, изразява дълбочината на неговите човешки и християнски убеждения. Отдясно лъв – националният символ на България, ясно загатващ за връзката между неговата пасторска дейност и българския народ. Вляво, отдолу – стръкче босилек, откъдето произхожда фамилното  му име. Над него – гълъб, известяващ мира. Най-отгоре – едно сърце, увенчано с кръст – отличителният знак на Конгрегацията на Страданието на Исус Христос, към която принадлежи монс. Босилков, а под него мотото “Iustitia et caritae” (Справедливост и милосърдие).

Името на Никополската епархия произлиза от античния град Никополис ад Иструм, основан от император Траян. Седалището е гр. Русе. Когато епископ Босилков започва апостолската си служба, броят на католиците е 25 000 с 31 свещеници и 7 религиозни братя, почти всички пасионисти, които изпълняват служението си в 25 църкви и параклиси, три колежа, отворени за момчета и момичета и една малка семинария. Заедно с тях в Никополската епархия работят и 123 монахини от различни конгрегации.