Процесът по беатификацията на Бл. Евгений Босилков е труден и продължителен, най-вече заради сложната поличитеска обстановка в България. Започнат е от пасиониста отец Иван Софранов (1923-1997), който лично познава Босилков от времето, когато е енорист в родното му село Бърдарски Геран. Отец Софранов, подпомогнат от свещениците Фабиано Джорджини и архимандрит Георги Елдъров, старателно се грижи за събирането на съществуващи в България, Холандия, Белгия и Италия документи, свързани с живота и дейността на Евгений.
Процесът по беатификацията (провъзгласяване за блажен) на монсеньор Босилков, според църковните закони, не може да започне в Никополската епархия, поради липса на подходящи условия. Отец Софранов, заместник консулатор по делото, иска от името на Конгрегацията на Пасионистите и българския народ началото на каноничния процес за признаване мъченичеството на монесеньор Босилков да се даде в италианския град Урбания. В него се намират отдавна учредените Комисия на Църквата в Мълчание, както и центърът на движението „Русия и Християнският Изток”.
На 21 декември 1984 г. Генералният постулат на пасионистите – отец Карлос Лицарага, получава разрешение от Конгрегацията за светци, да започне тъй наречения процес в епархията на Урбания. На 4 юли 1985 г. Монсеньор Уго Донато Бианки представя на Светия Отец формалната молба, а разрешението да се даде ход на делото по беатификацията, пристига на 27 септември 1985 г. Точно един месец по-късно, на 27 октомври, в катедралната църква в Урбания, в 11, 30 часа, се дава неговото начало.
„Достигайки до знанието на българското правителство – пише префектът на Конгрегацията за светци, кардинал Пиетро Палацини до епископа на Урбания, монс. Уго Донато Бианки – тази новина предизвиква такава враждебна реакция към Католическата Църква, че българските епископи са били принудени да изпратят молба до Папата, с искането да се отложи разглеждането на въпросното дело за по-добри времена”. По този въпрос Съветът за обществените работи на църквата разпорежда „Делото на Божия Раб монсеньор Евгений Босилков, Никополски епископ, да бъде преустановено в очакване на по-благоприятно време. Във всеки случай, делото не бива да бъде възобновявано без изричното положително мнение на епископите в България. ” Църковният трибунал приема временното прекратяване на делото. „По моя преценка – отбелязва дон Луиджи фини, пълномощен съдия – когато по Божията воля бъде възобновен процеса, заплахата на българското правителство ще представлява едно убедително доказателство, че монсеньор Босилков е бил преследван и убит, заради верността му към Христос и към Църквата. ”
С писмо от 13 януари 1991 г. Епископът на Никополската Епархия, монс. Самуил Джундрин, оповестява края на режима и възможността при новия политически климат на страната да се възобнови делото, за да се даде на България един нов Блажен. Конгрегацията за Светци със задоволство взема под внимание новата ситуация в България и дава разрешение делото да бъде възобновено на 30 октомври 1991 г.