На 6 август 1946 г. внезапно умира възрастният епископ на Русе, монс. Дамян Теелен. Една седмица по-късно на негово място Светият престол назначава отец Евгений за Апостолически администратор на епархията.

 

Разбрал историческият момент, който преживява България и малобройната католическа общност, отец Босилков осъществява на дело желаното от покойния епископ – да проповядва на вярващите посланието на пасионистите в най-важните места на епархията, да им припомня основните положения в християнското учение и да ги утвърждава във вярата, поради настъпващата антирелигиозна пропаганда на комунистическия режим. Той е убеден в необходимостта да им даде силната увереност да останат верни на Христовото Евангелие и послушни на Папата – наместникът на Христос тук, на земята. Тази мисия отец Босилков продължава до януари 1947 г. В различни енории на епархията започват сблъсъци между комунистически активисти и мисионерите под формата на шумни публични дебати, от които пасионистите излизат победители, заради по-добрата си философска и културна подготовка. Неможейки да направят нищо други, комунистическите активисти скандират “Долу Бог!”. Самият отец Евгений проповядва идеите на мисията си заедно със събратята си в различни енории, като с това предизвиква омразата на комунистите.

 

Първото си пастирско послание като Апостолически администратор пише на 25 януари 1947 г.