Nasce l'11 novembre 1914 a General Nikolaevo (attuale comune di Rakovski) in una fervente famiglia di credenti con 8 figli, e viene battezzato col nome di Giuseppe. Fin da piccolo si sente chiamato al sacerdozio. Nel 1927, insieme ad altri tre ragazzi, parte per il seminario minore francescano del Sud Tirolo, in Italia.
A 17 anni, il 28 agosto 1931, inizia il noviziato tra i Cappuccini a Klausen, dopodichè studia filosofia e teologia. Emette la professione perpetua il 12 novembre 1935, ed è ordinato sacerdote il 17 dicembre 1938.
Nel 1939 ritorna in Bulgaria, dove inizia a svolgere il suo ministero pastorale a General Nikolaevo., Plovdiv e poi Sekirovo. Si occupa dei giovani e dei chierichetti, segue i cori parrocchiali, anima le liturgie suonando l'organo. Nella sua predicazione sottolinea spesso l'amore verso la Chiesa, la comunità e la giustizia sociale.
Fra Flavian è una delle primissime vittime del regime comunista bulgaro, primo a morire tra i confratelli cappuccini. Un pomeriggio, dopo un incontro tenuto ai giovani di Sekirovo, è arrestato con violenza, malmenato nella sede della milizia, e poco dopo ammazzato crudelmente nella notte del 22 ottombre 1944.
Insieme a lui vengono trucidati anche due parrocchiani, Gheno Burov e Rafael Peev, che avevano tentato di difenderlo.
Il suo cadavere non è mai stato ritrovato; alcuni testimoni riferirono che fu fatto a pezzi e gettato nel fiume Striama.