Комунистическата власт в България подлага на гонения католиците и всички християни. Главната мишена в организираното преследване са всички, възприемани като двойна заплаха: от една страна, защото са вярващи, а от друга – защото са свързани с чуждестранна сила. Всички разбраха, че става въпрос за католиците. Още в самото начало на установения тоталитарен режим всички чуждестранни религиозни лица са екстрадирани от страната. След постановленията на Светия Престол от 1949 г., осъждащи комунизма, „големите на деня“ се събират в Москва, за да обсъдят мерките, които трябва да бъдат предприети срещу католиците. Започва жестоката милиционерска акция срещу Католическата Църква с обиски и многобройни арести на свещеници, монаси и миряни.
На 21 септември пресата обявява “обвинителния акт срещу католическата шпионска и терористична организация в България”. Задържаните са обвинени в шпионаж в полза на Ватикана и пагубна дейност срещу държавата. Обвиненията са подкрепени с неиздържани лъжи.
В понеделник, 29 септември, започва съдебният процес. Когато Бл. Евгений се явява, приятели и роднини го виждат отслабнал и изнемощял. Неузнаваем е. В затвора, лично той ще го разкаже, е бил принуден да спи на голия под, подложен на дяволски мъчения, обиди от всякакъв вид, лишения от храна и сън, денонощни изтощителни разпити. Върху ризата, с която бил облечен в затвора, се виждат още ужасяващи петна от ударите и изтезанията. За да го накарат да отстъпи, измислили срамна сплетня от нежности и заплахи, обещания и натиск, насилие и жестокост. Безполезно.
Петък, 3 октомври, е определен ден за произнасяне на присъдата, т.е. за установената присъда. Това е предумишлено човекоубийство.
Прочитането на присъдата е предвидено за 18 часа, но достига в 21 часа, защото нарежданията от Москва се забавят. Бл. Евгений, заедно с възнесенците Камен Вичев, Павел Джиджов, Йосафат Шишков е осъден на смърт и конфискуване на имуществото. Те изслушват и посрещат присъдата с необикновено достойнство и спокойствие.
Един присъстващ свидетел ще припомни: “Нашите българи са се борили, за да няма смъртни присъди, но Сталин е дал точно нареждане и не е могло нищо да се промени… Мога да заявя, че нито едно от обвиненията срещу Епископа не било основателно. Неговото държание по време на процеса било за пример”. След прочитане на присъдата са изведени навън.
Четиримата получават Благодатта на мъченичеството, изпросена от Господ чрез посредничеството на Света Богородица.
И четиримата са разстреляни през нощта на 11 срещу 12 ноември 1952 г. в гр. София.
До сега не се знае на кое място в Софийските гробища са погребани.
Техният талант на будители и възпитатели, събудили признания и обучили много бъдещи свещеници и монаси: тяхната вяра, издържливост срещу полицейските преследвания са единодушно признати от учениците им – католици и православни, арменци, евреи и мюсюлмани, от техните енорияши, от сестрите, на които са помагали, от техните другари по съдба в затвора, от техните събратя, от всички, които са понесли последиците от спускането на желязната завеса и безмислената борба срещу Църквата.
Свещеници от различни обреди, верни последователи на Свети Петър - те са свързани завинаги чрез мъченичеството и ни дават днес ясен знак за обединение и единство на Църквата.